Γεννήθηκε στις ηλιόλουστες Κυδωνίες,
Συνέχισε στην Σχολή Καλών Τεχνών Αθηνών και το Παρίσι.
Γύρισε, το 1919, στο Αϊβαλί για να διδάξει Ιστορία Τέχνης και Γαλλικά στο Παρθεναγωγείο του. Ίδρυσε τον πνευματικό σύλλογο «Νέοι Άνθρωποι» με τον Ηλία Βενέζη και Στρατή Δούκα.
Το 1921 πολέμησε εθελοντής στρατιώτης στο Μικρασιατικό Μέτωπο. Τον Σεπτέμβριο του 1922 έρχεται ξεριζωμένος πρόσφυγας στην Ελλάδα, όπου συνεχίζει το έργο του.
Εργάσθηκε στο Βυζαντινό Μουσείο, το Κοπτικό Μουσείο του Καΐρου, στην αποκατάσταση των αγιογραφιών του Μυστρά, δημιούργησε το Βυζαντινό τμήμα του Μουσείου Κέρκυρας,
Μερικές από τις εκκλησίες που έχει αγιογραφήσει είναι :
Ο Φώτης Κόντογλου έχει βαθιές κληρονομικές ρίζες από την ελληνική μικρασιατική παράδοση, το Βυζάντιο και την Ορθοδοξία. Βάζει την δική του υπογραφή στην σύγχρονη αγιογραφία όπου ανοίγει νέους ορίζοντες.